Va dans Configuration, Configure Controllers, Controller 1, Change Joypad Mappings, Change Game Mappings. Là tu vois 2 colonnes.
A gauche c'est la colonne qui liste les boutons de la Megadrive. Par exemple Emu1 (A) correspond au bouton A. Emu7 (Up) correspond à la direction Haut.
A droite c'est la liste des boutons Xbox. Si c'est marqué X+Nothing en face de Emu1 (A), ça veut dire qu'en appuyant sur X sur ta manette Xbox, c'est comme si tu appuyais sur le bouton A de ta manette Megadrive.
Regarde bien à quoi chaque bouton Xbox sert. Si ça ne te convient pas et que tu veux par exemple appuyer sur Y pour émuler le bouton C de la Megadrive, appuie sur A quand tu es sur la ligne Emu3 ©, tu as alors 3 secondes pour appuyer sur Y (n'appuie qu'une fois).