Salut,
J'ai eu le même problème il y a quelques temps.
Parfois dans le mkv, le son est décalé par rapport au film (souvent les versions francaises).
Il faut que tu telecharges le soft Mediainfo.
Par exemple, si tu pars d'un mkv:
Ouvre le MKV avec MediaInfo. Il te donnes à la fois des infos sur la video et l'audio.
Note l'info video delay en choisissant la piste son.
Puis avec TSmuxer (j'utilise la version1.9.9), tu ouvres le mkv.
Choisis la piste son, dans les paramètres (juste en dessous des différents pistes), tu dois avoir :delay en ms.
Il te suffit alors d'inscrire la donnée du décalage (attention en milliseconde).
Remux en m2ts.
Normalement pas de prob!