Il me semble que la Knoppix s'installe à peu près comme une Xebian
Il faut le démarrer avec les options qu'on veut, ne pas oublier de préciser qu'on veut démarrer sur un 2.6 si c'est notre choix, ensuite il y a un script à lancer qui posera 2 ou 3 questions pour installer.
Et quand c'est installé il y a une méthode pour transformer ça en pure debian, effectivement. Google c'était montré assez bavard à ce sujet, j'ai pas essayé.
Sinon pour cette histoire d'installation j'ai vu exactement le même problème en tentant de lancer une Ubuntu sur un iMac G5, le lecteur en lui même était bien reconnu à cette époque sous linux, le problème venait du chipset IDE je crois.